COBOL JVM プロジェクトの Java ビルド・パスに追加するプロジェクトでデフォルトの出力フォルダがサブフォルダではなくルートに設定されている場合は、COBOL JVM プロジェクトのビルド時にエラーが発生します。
この問題を回避するには、追加したプロジェクトの出力フォルダがサブフォルダであることを確認してください。