アプリケーションの開発中にソース コードをデバッグすることは、ソフトウェア開発の重要な作業の 1 つです。そのため、COBOL 開発システムでは、アプリケーションの異常終了時にデバッガーを自動的に呼び出したり、待機中のアプリケーションにデバッガーをアタッチするなど、さまざまな手法で幅広いソースをデバッグできるようになっています。各種の手法の概要とそれらを使用するシナリオについては、「デバッグ シナリオ」を参照してください。
ネイティブ COBOL と JVM COBOL の両方のソースのほか、プログラミング言語が混在したアプリケーションもデバッグできます。また、ソース ファイルの格納場所は、コンピューターのローカルでもリモート (Micro Focus Enterprise Developer UNIX Components を使用) でもかまいません。
ほとんどのアプリケーションはデバッグ条件下で実行するだけでデバッグできますが、一部の Linux プラットフォームでは、プログラムの動作を記録としてキャプチャし、その記録された内容を別のマシンで再生することで、ローカルで実行した場合と同じすべてのデバッグ情報が得られます。アプリケーションをデバッグする手法は、これ以外にもいくつもあります。そのすべての手法について、「デバッグ シナリオ」セクションで詳しく説明しています。
アプリケーションをデバッグするには、デバッグ用にコンパイルする必要があります。これにより、コンパイル時にシンボル (.idy) ファイルが生成されます。このファイルに、ソースをデバッグ エンジンで実行するために必要なすべての環境設定が含まれています。デバッグ用のソースの準備はオーバーヘッドの原因となるため、最終的な本稼動用のアプリケーションでは通常はオフになっています。プロジェクト内のデバッグを目的として特別に構成された起動構成を使用できます。「実行とデバッグ」を参照してください。
Eclipse には、デバッグ用に特別に設計された [Debug] パースペクティブというパースペクティブがあります。これには、呼び出しスタック、変数と監視ポイント、ブレークポイントのリストなど、デバッグ時に役立つ情報を含むビューが多数含まれています。また、プログラムの実行をナビゲートするために必要なコントロールも用意されており、プログラムをブレークポイントに達するまで実行したり、実行されたコードの行を逆方向に実行したり、各ステップで変数の値を調べたり (値の変更も可能) できます。