Enterprise Developer で提供されている RM/COBOL ライブラリ ルーチンを使用する場合は、CALL 文で 1024 呼び出し規則を明示的に設定することをお勧めします。
program-id. Program1.
Special-Names.
call-convention 1024 is RM.
...
procedure division.
call RM "SYSTEM" using "cmd.exe /c mkdir sys02".
goback.
end program Program1.