コンパイラがどのように動作するかをコンパイラ指令を用いて指示することができます。
たとえば、コンパイラ指令によってオブジェクトコード形式で生成させることができます。また、コンパイルリストを生成させたり、オブジェクトリストを生成させたりすることもできます。
cobolコマンドを使用して、（リンクすることなしに）コンパイルできます。
また、cbllink ユーティリティを使用して、コンパイルとリンクを一ステップで実行することもできます。
また、コンパイラに対してリンカーを自動起動させて実行形式を作成するように指示することもできます。
これらはコマンド ラインから指定することもできますし、コンパイラのプロンプトの中で指定してゆくこともできます。