TIOAPFX=YES は、常にコマンドレベルのアプリケーションに対して指定する必要があります。プログラムがコマンドレベルのアプリケーションの場合、TIOAPFX=YES が DFHMSD マクロで指定されていないと、Mainframe Express はこの警告を表示して、TIOAPFX=YES であるとみなします。
解決策：
DFHMSD マクロで TIOAPFX=YES を指定してください。